Las colecciones científicas se comenzaron con la creación misma de la institución, a partir de una donación importante de fósiles por parte del Socio Fundador, Carlos Estarli, y hoy conforman en la actualidad un acervo de más de 3000 piezas. Al pie de este texto, pueden observar el repositorio disponible, que iremos actualizando constantemente.

Estas colecciones de ciencias naturales y antropológicas, son un patrimonio de incalculable valor científico, de uso público, que le permitirán, mediante su estudio, a las actuales y futuras generaciones de investigadores, acrecentar el conocimiento sobre nuestros recursos naturales, sobre la historia de los seres vivos con los que habitamos la Tierra y sobre la historia humana.

Las colecciones de paleontología y de arqueología fueron inscriptas ante el Centro de Registro del Patrimonio Arqueológico y Paleontológico (CRePAP) que pertenece a la Dirección Provincial de Patrimonio Cultural del Gobierno de la Provincia de Buenos Aires, conforme a lo que dicta la ley nacional 25.743.